WINZIP HERUNTERLADEN CHIP

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    CisGenome verwendet den TileMap-Algorithmus (Ji und Wong, 1995), um Spitzen aus ChIP-Chip-Daten aufzurufen. Das Programm erstellt die folgenden Dateien im Ausgabeordner (Abbildung 2.13.8). In einem ChIP-Seq-Experiment werden DNA-Fragmente aus Chromatin-Immunpräzipitationsproben von beiden Enden sequenziert. Die Lesevorgänge aus der Sequenzierung werden einem Referenzgenom zugeordnet. Protein-DNA-Bindungsregionen werden als Regionen mit unerwartet großer Anzahl von Lesevorgängen identifiziert. Je nachdem, ob Kontrollproben auch sequenziert werden, lassen sich ChIP-seq-Experimente in zwei Typen unterführen. In einem Ein-Sample-Experiment sequenziert man nur ChIP-Proben. In einem Zwei-Sample-Experiment sequenziert man sowohl ChIP- als auch Kontrollproben. In diesem Abschnitt wird erläutert, wie Spitzen aus dem Ein-Beispiel-Experiment aufrufen. Nach dem Peak-Aufruf sind alle nachfolgenden Analysen identisch mit der Analyse von ChIP-Chip-Daten (siehe Basisprotokolle 2-6). Eingabedatenformat für das Aufrufen von Peaks aus ChIP-Chip-Experimenten, die auf Nicht-Affymetrix-Kachel-Array-Plattformen basieren. Das unten beschriebene Verfahren ermöglicht es, eine Browsersitzung manuell zu erstellen.

    Wenn der ChIP-Chip und der ChIP-Seq Peak Calling innerhalb der CisGenome GUI ausgeführt wird, wird automatisch eine Browsersitzung erstellt. In Abbildung 2.13.8 wird eine Taste auf die Browsersitzung weitergeleitet, in der Daten innerhalb der Spitze angezeigt werden, indem Sie einen Peak in der COD-Datei auswählen und auf die erste Spalte des Peaks doppelklicken. Wenn die Genomdatenbank vor dem Peak-Aufruf in die CisGenome GUI geladen wurde, zeigt der Browser auch automatisch die Genanmerkungs-, Konservierungs- und DNA-Sequenzspuren an. Das Dialogfeld zum Hinzufügen von BPMAP-Dateien zu einem Affymetrix ChIP-Chip-Datensatz. Nun werden alle BPMAP-Dateien im ausgewählten Ordner im Feld auf der linken Seite mit dem Namen „Verfügbarer BPMAP“ aufgeführt (Abbildung 2.13.3b). Wählen Sie die BPMAP-Dateien aus, die den ChIP-Chipdaten entsprechen. Klicken Sie auf „Hinzufügen“, um sie in das Feld auf der rechten Seite mit dem Titel „BPMAP used in the Project“ zu verschieben. Für das Gli-Beispiel müssen alle sieben BPMAP-Dateien dem Projekt hinzugefügt werden. CisGenome kann ChIP-Chip-Daten verarbeiten, die von anderen Kachel-Array-Plattformen als Affymetrix-Arrays generiert werden.

    In diesem Abschnitt wird erläutert, wie Spitzen wertet werden. Speichern Sie die heruntergeladene Datei in einem Ordner, der keine leeren Zeichen wie Leerzeichen oder Registerkarten enthält. Sie können z. B. in D:`Projects`cisgenome_project` gespeichert werden. Eine Reihe von CisGenome-Analysefunktionen erfordern Informationen über das Genom, einschließlich genomischer DNA-Sequenzen, artenübergreifender Konservierung und Genanmerkungen. Die Informationen werden in der Regel in vorgefertigten Genomdatenbanken gespeichert, die von der CisGenome-Website heruntergeladen werden können. In dieser Einheit wird die Installation einer Genomdatenbank vorgestellt.

    Eine FASTA-Datei, die DNA-Sequenzen aus Protein-DNA-Bindungsregionen enthält (siehe Basisprotokoll 4). Eine Beispielsequenzdatei Peak_ExonArray.fa kann von www.biostat.jhsph.edu/~hji/cisgenome/index_files/basicprotocol.htm heruntergeladen werden. Diese Datei enthält Sequenzen aus einer Sammlung von Bindungsbereichen, die in den Gli-Daten erkannt wurden und sich in der Nähe von Genen befinden, die transkriptionsaktiv aktiviert oder unterdrückt werden, wenn Gli seine Expression ändert. Eine MAT- oder CONS-Datei mit dem Motiv. Als Beispiele werden die Matrix und der Konsens für Gli-Motiv (Glimotif.mat, Glimotif.cons) herangezogen. Sie können von www.biostat.jhsph.edu/~hji/cisgenome/index_files/basicprotocol.htm Follow Support Protocol 2 (Schritte 1-3) heruntergeladen werden, um die entsprechende Genomdatenbank herunterzuladen und zu installieren.

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